Konflikterna med skivbolaget tärde på bandet, och Peter Sawatzki valde att lämna Boytronics i samband med att bandets andra album skulle spelas in. Albumet the Continental släpptes 1985, och en teasersingel för ett tredje album släpptes 1986. Ungefär samtidigt startade en segdragen konflikt där skivbolaget ansåg sig att ha rätt till bandnamnet ”Boytronics”, vilken slutade med att Holger Wobker satsade på sitt nya projekt Kamerata, och skivbolaget värvade nya artister till bandet.
Mellan 1988 och 1995 släppte skivbolagets Boytronics två album och en serie singlar. Musiken låg mer åt italiensk disco än bandets ursprungliga inkarnation. Efter 1995 låg bandets verksamhet nere tills Holger Wobker och Peter Sawatzki började jobba på projektet ”A Feather On the Breath of God”. De hade demos och inspelningar för ett helt album, när Peter Sawatzki plötsligt dog i cancer, och arbetet stannade av igen.
Några år senare fick dock både Holger Wobker, och Hayo Panafarino som varit medlem i andra upplagan av Boytronics, impulsen att starta upp bandet igen. De två började samarbeta och släppte albumet ”Autotunes” 2002. Samtidigt jobbade båda två på andra håll, Holger Wobke med att återutge bandets första album, och på sitt eget projekt ”Beachhead”. Hayo Panafarino jobbade med sitt eget bolag Major Records, och på ömsesidig överenskommelse lämnade han Boytronics när bolaget började ta mycket kraft. Holger Wobke fortsatte arbetet med Boytronics tillsammans med hans Johm och Michael Maria Ziffels.